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主要内容

细菌中的基因调控概述

操纵子、调控DNA序列和调控基因综述。抑制蛋白和激活蛋白。

要点:

  • 细菌基因通常存在于 操纵子中。操纵子中的基因作为一个集体被转录,并有一个启动子。
  • 每个操纵子都包含 调控DNA序列,作为 调控蛋白 的结合位点,促进或抑制转录。
  • 调控蛋白通常与小分子结合,小分子可以通过改变其与DNA结合的能力使蛋白质活跃或失活。
  • 有些操纵子是 可诱导的,这意味着它们可以被特定小分子的存在激活。其他的是可抑制的,这意味着它们在默认情况下是打开的,但可以被一个小分子关闭。

介绍

我们倾向于认为细菌很简单。但即使是最简单的细菌,在基因调控方面也有复杂的任务!你的肠道中或牙齿之间的细菌里有包含着数千种不同基因的基因组。这些基因中的大多数编码蛋白质,每一种都在某个过程中扮演着自己的角色,如营养代谢、细胞结构的维持和对病毒的防御。
其中一些蛋白质是日常需要的,而另一些只有在特定的情况下才需要。因此,细胞并不总是表达基因组中的所有基因。你可以把基因组想象成一本烹饪书,里面有很多不同的食谱。细胞将只使用符合其当前需要的配方(表达基因)。

基因表达是如何调控的?

基因调控有多种形式,即控制基因表达的机制和表达水平。然而,许多基因调控在转录水平上发生。
细菌有特定的调控分子,控制一个特定的基因是否会转录成mRNA。通常,这些分子通过与基因附近的DNA结合,帮助或阻断转录酶(RNA聚合酶)发挥作用。让我们仔细看看基因是如何在细菌中被调控的。

在细菌中,基因通常存在于操纵子中

在细菌中,相关基因通常在染色体上的一个簇中发现,它们以一个 启动子 (RNA聚合酶结合位点)作为一个单元被转录。这种由单个启动子控制的基因簇称为 操纵子。操纵子在细菌中很常见,但在人类等真核生物中很少见。
这张图标说明了操纵子是什么。在图表的顶部,我们可以看到一个细菌细胞,其中有一个圆形的细菌染色体。我们放大染色体的一小段,看到它是一个操纵子。操纵子的DNA包含三个基因,基因1、基因2和基因3,它们在DNA中排成一行。它们受一个启动子(RNA聚合酶结合的位点)控制,它们被转录在一起,形成一个包含所有三个基因编码序列的mRNA。当mRNA被翻译后,mRNA的三个不同的编码序列被分别读取,得到三个不同的蛋白(蛋白1、蛋白2和蛋白3)。
注意:操纵子不仅仅由这三个基因组成。相反,它还包括启动子和其他调控基因表达的调控序列。
一般来说,操纵子将包含在相同过程中起作用的基因。例如,一种被称为lac 操纵子的操纵子得到了很好的研究,它包含了编码蛋白质的基因,这些蛋白质参与了一种特定糖:乳糖的摄取和代谢。操纵子使细胞能够有效地表达同时需要产物的一系列基因。

操纵子的剖析

操纵子不仅仅由基因的编码序列组成。它们还含有用于调控操纵子转录的 DNA调控序列 。通常,这些序列是调控蛋白的结合位点,控制着有多少操纵子被转录。启动子,或RNA聚合酶结合的位点,是DNA调控序列的一个例子。
图片表明了启动子是RNA聚合酶结合的位点。启动子存在于操纵子的DNA中,位于基因的上游(前面)。当RNA聚合酶与启动子结合时,它转录操纵子并产生一些mRNA。
除了启动子,大多数操纵子还有其他DNA调控序列。这些序列是调节蛋白的结合位点,可以使操纵子的表达“上升”或“下降”。
  • 一些调节蛋白是抑制因子,它与称为 运算子 的DNA片段结合。当抑制因子与它的操作子结合时,它会减少转录(例如,通过阻止RNA聚合酶在DNA上向前移动)。
图表表示了抑制因子是如何工作的。一个抑制蛋白结合到一个被称为运算子的位置。在本例(和许多其他例子)中,操作子是与RNA聚合酶结合位点(启动子)重叠或位于其下游的DNA区域。也就是说,它位于启动子和操作子的基因之间。当抑制因子与操纵子结合时,它阻止RNA聚合酶与启动子结合和/或转录操纵子。 当抑制因子与操纵子结合时,不发生转录并且不产生mRNA。
  • 一些调控蛋白是 活化剂。当活化剂与其DNA结合位点结合时,它会增加操纵子的转录(例如,通过帮助RNA聚合酶与启动子结合)。
图片说明了活化剂是如何工作的。活化蛋白与特定的DNA序列结合,在这种情况下,就在启动子的上游(前面)RNA聚合酶结合的地方。当激活剂结合时,它帮助聚合酶附着在启动子上(使启动子结合更有力)。这导致RNA聚合酶与启动子紧密结合,更频繁地转录操纵子的基因,从而产生许多mRNA分子。
调控蛋白从何而来?与生物体中产生的任何其他蛋白质一样,它们是由细菌基因组中的基因编码的。编码调控蛋白的基因有时被称为调控基因
许多调节蛋白本身可以被特定的小分子“打开”或“关闭”。小分子与蛋白质结合,改变其形状,并改变其与DNA结合的能力。例如,一个活化剂只有在与某个小分子结合时才会活化(能够结合DNA)。
图片显示了一个假想的活化剂的活性如何被一个小分子调节。当小分子缺失时,激活剂就会“关闭”——它呈现出一种无法与DNA结合的形状。当活化这一活化剂的小分子被加入时,它与活化剂结合并改变其形状。这种形状的改变使活化剂能够与目标DNA序列相结合并激活转录。

操纵子可以是可诱导的,也可以是可抑制的

有些操纵子通常是“关闭”的,但可以被一个小分子“打开”。这种分子被称为诱导物,而操纵子被称为可诱导的
  • 例如,lac操纵子 是一个诱导型操纵子,它编码一种酶,用于代谢乳糖。只有当乳糖存在时,它才会启动(其他情况,当首选糖不存在时)。在这种情况下,诱导物是异乳糖,一种乳糖的改性形式。
其他的操纵子通常是“开”的,但是可以被一个小分子“关”掉。这种分子被称为辅抑制因子,而操纵子被认为是可抑制的
  • 例如,trp操纵子是一种可抑制的操纵子,它编码一种合成氨基酸:色氨酸的酶。这种操纵子在默认情况下是被表达的,但当存在高水平的色氨酸时可以被抑制。这里的辅抑制因子是色氨酸。
这些例子说明了一个重要的观点:基因调控允许细菌通过改变基因表达来对环境的变化做出反应(从而改变细胞中存在的蛋白质)。

有些基因和操纵子一直在表达

许多基因发挥着特殊的作用,并且只在特定的条件下表达,如上所述。然而,也有一些基因的产物是细胞维持基本功能所需要的。这些 管家基因 在正常生长条件下不断表达(“成型活化”)。管家基因有启动子和其他调控DNA序列,以确保恒定的表达。

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